Los investigadores adaptan el disección de redes sociales para modelar la cambio del virus

Investigadores de Película del Oeste University pueden sobrevenir descubierto un nuevo significado para la frase de las redes sociales, «volverse vírico».

Una nueva investigación de Película del Oeste University sugiere que algunos virus evolucionan más como una red social dinámica, en circunstancia de un árbol rígido, como se creía anteriormente, y se recombinan entre sí para crear una red de subtipos que se cruzan. Este trabajo tiene implicaciones para la epidemiología y salud públicano solo para el VIH-1 sino incluso para otros virus, porque influye en cómo rastreamos la forma en que los virus se mueven a través de la población.

Anteriormente, cuando los epidemiólogos observaban la cambio de los virus, clasificaban las variantes como un árbol en crecimiento: cada transformación con una o más mutaciones de su padre se ramificaba en nuevas variantes.

Al estudiar genomas completos del VIH-1 de todo el mundo, especialmente en regiones donde la secuenciación ha sido menos global, un equipo de la Escuela de Medicina y Odontología Schulich de Película del Oeste, dirigido por Art Poon, demostró que la recombinación es mucho más frecuente de lo que se creía anteriormente.

«Si las personas se infectan con dos o más subtipos de VIH, intercambian partes de sus genomas para crear formas de baldosín que llamamos ‘recombinantes'», dijo Abayomi Olabode, autora principal y asociada postdoctoral en el laboratorio de Poon en Película del Oeste. «Con nuestra investigación y enfoque, descubrimos que esta recombinación no es solo una curiosidad, sino que sucede mucho más de lo que pensábamos originalmente».

El estudio, «Revisión de la historia recombinante del agrupación M del VIH-1 con detección comunitaria de redes dinámicas», se publicó esta semana en PNAS.

Por lo militar, los virus como el VIH-1 se clasifican comparando solo una parte de la virus‘ genoma a un genoma de narración. Sin bloqueo, Poon y su equipo desarrollaron un nuevo método computacional para observar en cambio el genoma completo y descubrió mucha más riqueza adentro de los subtipos. Este hallazgo muestra que existe una amplia recombinación a lo prolongado de la cambio del VIH-1, incluida la evidencia de que incluso los genomas de narración del virus pueden sobrevenir sido recombinantes.

«Este descubrimiento fue posible porque ahora tenemos más datos completos del genoma disponibles que antiguamente, y hay más iniciativas globales para secuenciar poblaciones que se habían descuidado en el pasado», dijo Poon, profesor asociado de patología y medicina de laboratorio. en Schulich Medicina y Odontología.

Con estos datos en la mano, el equipo se inspiró en análisis de redes sociales para mirar los datos de una nueva forma. Cuando los investigadores analizan datos de redes sociales como Facebook o Twitter, deben tener en cuenta los vínculos que se cruzan y cambian entre las personas. «La relación que estamos haciendo es que, de forma similar al disección dinámico de redes sociales, a medida que avanzamos en el genoma, partes del genoma se volverán más similares a un agrupación completamente diferente de otros genomas oportuno a la recombinación».

El equipo dice que este nuevo enfoque tiene implicaciones sobre cómo se clasifican los virus y para rastrear y comprender cómo virus moverse a través de la población.

«Actualmente, si queremos entender cómo se propaga una oleada a través de una población, comparamos las secuencias, construimos un árbol y luego usamos ese árbol para tratar de determinar qué está pasando, dónde se está propagando el virus más rápido que en otros partes de la población, por ejemplo», dijo Poon. «Lo que descubrimos es que la recombinación rompe esos métodos, por lo que ahora tenemos que trabajar asumiendo que no hay un solo árbol, hay un bosque completo según la parte del virus». genoma estás mirando».